Diferencias entre FTPS y SFTP

Los servidores FTP no tienen ninguna seguridad a la hora de conectarnos a ellos, ni los archivos ni la autenticación van cifrados, por tanto podríamos poner en riesgo nuestra privacidad a menos que no estemos conectando mediante una red privada virtual (VPN) y el servidor FTP esté en esa red local ya que de esta forma todo el tráfico va cifrado (pero por la VPN).

SFTP y FTPS no son equivalentes, ni siquiera se parecen, aunque ambos sirvan para lo mismo (transferencia segura de ficheros).
SFTP:
Sus siglas significan SSH File Transfer Protocol, es completamente diferente del protocolo FTP (File Transfer Protocol). SFTP fue contruído desde cero y añade la característica de FTP a SSH. Sólo usa un canal de comunicación, envía y recibe los mensajes en binario (y no en formato texto como hace FTP).
FTPS: (FTP seguro)
Es una extensión de FTP mediante SSL para el cifrado de los datos, utiliza dos canales de comunicación, envía y recibe los mensajes en formato texto. FTPS normalmente es más conocido ya que usa los mismos comandos que FTP.
Ambos protocolos utilizan un algoritmo asimétrico (RSA, DSA), un algoritmo simétrico (AES por ejemplo), y un algoritmo de intercambio de claves. Para la autenticación, FTPS utiliza certificados X.509, mientras que SFTP utiliza las claves SSH.
¿Cual es más seguro?
Técnicamente SFTP es más avanzado que FTPS, sin embargo algunos dispositivos pueden no ser compatibles con SFTP (como los móviles, consolas etc) y sin embargo con FTPS sí lo son, como he dicho antes, FTPS es una extensión de FTP.